《英雄传说 空之轨迹》的故事简述艾丝蒂尔、约修亚等角色意外被召唤到了个神秘的异世界“世外桃源”。但是，这个世界与他们原本所熟悉的世界完全不同，原本正直的人变成了邪恶的角色，而原本就奇怪的人则变得更加离奇。为了能够回到自己原来的世界，他们决定成立“Falcom学园”。然而，这个学园却充满了无厘头的故事情节和超乎常理的事件，让人忍俊不禁。