在个阳光明媚的日子里，羊村正在举行盛大的防御系统揭幕仪式。这项系统是慢羊羊村长最近的创新发明，能够抵御高达千伏的电压。然而，就在这个时候，灰太狼突然出现，闯入了活动现场。最近，他发明了羊味罐头，成为了备受瞩目的科学家。尽管如此，他仍然心痛着自己未能抓住小羊的事实。于是，灰太狼动用了天气控制器，与羊羊特工队展开了场激烈的战斗。在这场战斗中，受伤的喜羊羊意外结识了熊猫旺财，然而，旺财的真实身份却是条已经灭绝多年的蛇。受到挫折的灰太狼决定全力升级天气控制器，却不经意间忽略了他的妻子和灰灰的感受。然而，正是他的失误导致了天气控制器的失控。处于危险之中，青青草原上的众人意外发现了蛇族很久以前发明的诺亚神舟。为了启动这艘神舟，他们必须得到蛇族的帮助。因此，羊羊特工队和机械喜羊羊踏上了段充满危险和未知的冒险之旅...... 这部电影是《喜羊羊与灰太狼》系列的第五部剧场版动画。