地球物理学家田所雄介博士（小林桂树 饰）引领自己的研究团队进行深海科考，却惊现海底异常龟裂和乱泥流。经过系列调查，他得出结论日本列岛将在年后沉没。然而，日本政府官员们对田所博士的预测持怀疑态度，将其视为不值得相信的谎言。唯有山本首相（石坂浩 饰）认识到事态的严重性，任命田所的前妻鹰森沙织（大地真央 饰）担任危机管理大臣，带领田所博士和团队拯救日本。从北海道开始，日本诸岛发生大规模地质灾害，人们陷入恐慌。政府束手无策，海外移民政策也无济于事，日本完全沉没的现实即将到来。田中博士和他的科考队员们最终找到拯救日本的方法，但操作却异常困难...