本片以地球人与瓦肯人的“第类接触”事件为背景，重点关注《星际迷航之下代》电视系列剧中的主要敌对势力--博格人。企业号在例行巡航时突然接到密电，告知博格人已联合其他星系的势力，准备对地球进行攻击。尽管舰长皮卡特曾被敌人俘虏并同化，导致星际舰队对他缺乏信任，因此未被派遣参与战斗。然而，皮卡特不顾命令，仍然选择加入战斗行动。随后，企业号穿越博格人的时间漩涡，回到21世纪，试图阻止博格人改变人类的外星发展史，并阻止他们征服地球的企图。