夏天的天，红发女孩玛丽（杉咲花 配音）被送到乡间小屋度假，在那里与阿姨夏洛特度过了段美好的时光。起初，玛丽感到有些不适应周围的环境，尤其是调皮的彼得（神木隆之介 配音）经常与她闹腾，让她感到烦恼。然而，在次偶然的林间探险中，玛丽发现了朵传说中的魔法之花“夜间飞行”，同时还找到了把破旧的扫帚。玛丽乘坐着这把魔法扫帚飞向天空，来到了恩德学园，个专门培养魔法师的地方。在这个神奇的学园里，玛丽受到曼布勒切克女士（天海佑希 配音）的热情接待，还结识了怪模怪样的D博士（小日向文世 配音）。虽然玛丽作为个懵懂的女孩成为了魔法学员，但很快她就发现了学园中隐藏的些秘密……