小智（松本莉香 配音）来自真新镇，渴望成为顶级神奇宝贝训练师。但命运似乎捉弄他，他在展开训练师旅程的那天，却因迟到未能获得初始的小精灵。幸运的是，大木博士（石冢运昇 配音）看到了他的困境，赠送了个特别的礼物给他——只不愿进精灵球、调皮捣蛋的皮卡丘。从此，他们同踏上了令人刺激的神奇宝贝之旅。