在幻影忍者们团结心，成功击退飞天海盗后，忍者世界重回和平。他们专心进行日常训练，但大地忍者寇似乎心事重重。在之前的战斗中，他被邪恶的杨大师变成幽灵，度以为自己能逐渐适应这种幽灵形态。然而，他忽然发现自己可能随时消失，仿佛从未存在过样。就在这时，他听到杨大师的呼唤，意识到杨大师正在策划场阴谋，试图召回过去被忍者们击败的强大魔头。面对多位死敌的同时袭击，幻影忍者们能否抵挡住他们？而寇能否顺利度过这次的难关，继续存在于这个世界上呢？