もぐりバクチの罪で捕った座頭市は、牢内で無実の罪で死刑を宣せられたやくざ島蔵から、彼の無実を証明する兄弟分・黒馬の仙八か荒磯の重兵衛親分をたずねてくれるようにと頼まれた。翌朝牢を出た市は、若いやくざ百太郎と緒になったが、市とは縁の深い青田の鎌十の許へわらじを脱いだ市が、下にもおかぬもてなしをうけるのに腹をたてて市と別れた。数日後大洗の宿で黒馬の仙八を訪ねあてた市は、島蔵の身の上を話して協力を頼んだ。度はこれをひきうけた仙八だったが、その夜市は黒馬家に寝込みを襲われた。 得意の居合斬りで刺客を蹴散らした市は仙八をしめあげ、役人を買収し島蔵をおとしいれたのは、荒磯の重兵衛であることを聞きだし、さらに黒馬家に監禁されていた妖艶な女お米を救けた。その後お米は市を慕って、どこまでも後を離れようとはしなかった。 それからまた数日、市は百太郎の扮するニセ座頭市の存在を知り、彼と正体を証明しようとするが、ニセ座頭市との戦いで市は致命傷を負ってしまった。しかし、お米の助けを得て市は命をとりとめる。 島蔵を救出するために市とお米は再び黒馬家と対決するが、彼らの家族の絆と策略に苦しめられる。最終的に、市とお米は黒馬家を打ち倒し、島蔵の無実を証明するために奮闘するのだった。