明朝中叶，倭寇频繁袭扰东南沿海地区。作为东瀛柳生族的员，柳生（任达华饰）不仅辅佐德川家康，还心怀征服中原武林的野心。他渐渐崭露头角，在武林中所向披靡。然而，他的目标是向中原武林的第高手“天剑”独孤无极（刘松仁饰）发起挑战。与此同时，独孤无极正欲与妻子梦青丝（杨紫琼饰）喜结连理，却因种种原因而无法完成婚礼。他求助于“鬼医”（吴孟达饰），使用剧毒来提升自身的武功。比武之日，独孤无极与柳生展开激战，最终将对方击退。然而，他自身的毒气却导致神经混乱，导致他误杀了许多山庄的好友，并让梦青丝离开。从那以后，青丝改扮男装，化名独孤贞，誓要除尽世间背信弃义之人。 另边，鬼医弟子吴通（张卫健饰）为了逃避比自己年长许多的未婚妻牛娃（郑裕玲饰），在结婚当天逃跑了。他巧遇微服出游的天香公主（张曼玉饰）和她的贴身侍卫（吴君如饰），人产生了争执。正当这时，独孤贞出现解围。与此同时，镇上传来了关于梦青丝在妓院摆设迷魂阵以吸引武林豪杰比武的传闻。独孤贞和吴通震惊不已，于是决定同去揭开真相……